《使徒行者3》延续了该系列卧底与黑警对决的核心主题，故事时间线横跨过去与现在。剧集通过多条线索交织，揭示了CIB、保安局、黑社会等多方势力的复杂角力。卓凯出狱后继续追寻卧底同伴下落，并与新加入的卧底团队产生交集。薛家强在泰国执行任务时遭遇意外，其失踪引发各方追查。同时，新一代卧底魏德礼以复仇者身份登场，利用黑客技术操控全局，使正邪界限愈发模糊。剧情在揭露新卧底档案的过程中，逐步拼凑出跨越多年的阴谋网络，人物命运在忠诚与背叛间经受考验。