《魔卡少女樱透明牌篇》是《魔卡少女樱》系列时隔近20年的正统续作，故事发生在小樱成为小学六年级学生之后。小樱与从香港归来的小狼重逢，两人终于心意相通，开始了甜蜜的校园生活。然而，正当一切看似平静时，小樱某天夜里发现她收集的所有库洛牌和樱之牌都变成了透明的卡片，并且失去了魔力。与此同时，一股神秘的力量开始在她周围出现，新的危机悄然降临。小樱必须再次拿起魔法杖，与新的守护者小可和知世等人一起，调查透明牌背后的真相，并收集这些全新的、充满未知力量的卡牌。