《奇蛋物语》讲述了初中生大户爱因遭受校园霸凌而休学在家，某天深夜她偶然获得一枚神秘的蛋，并在梦中进入一个异世界。在那里，她必须保护从蛋中孵化出的“视若生命之人”免受“视而不见者”的伤害，以此拯救现实中因各种原因陷入危机的少女。随着战斗的进行，爱逐渐结识了同样持有奇蛋的几位少女：青沼宁瑠、川井璃夏和泽木桃惠。她们各自怀揣着不同的创伤与秘密，在一次次冒险中相互扶持，共同面对内心的恐惧与社会的阴暗面，探寻生命的意义与自我救赎的道路。